Les bactéries aérobies (qui ont besoin d’oxygène et ne dégagent pas de mauvaises odeurs) transforment les matières organiques en matières minérales assimilables par les plantes. En retour, les plantes aquatiques fournissent de l’oxygène aux bactéries par leurs racines.
Attention toutefois, un assainissement écologique par phytoépuration se conçoit avec l’utilisation conjointe et indispensable de toilettes sèches, qui limite la pollution de l’eau en amont et valorise nos déjections par le compostage. De plus, en supprimant les eaux vannes (eaux issues des toilettes) des eaux à épurer, le dimensionnement du système est considérablement diminué (rapport de 3 à 1) car la pollution de l’eau est vraiment réduite. Bien sûr, il est indispensable par ailleurs d’utiliser des produits doux pour l’environnement.